Da regeringen trådte til i 2001, var det med løfter om øgede forskningsmidler, som fik naive forskere til at glæde sig efter en række magre år under skiftende regeringer. I stedet kom seks nye magre år.
Derudover blev bevillingerne til grundforskningen yderligere beskåret og delvis overført til anvendt forskning. Idet dog den tidligere regerings mærkesager som miljøforskning, klimaforskning og energiforskning, herunder udvikling af vindkraft, blev sat i stå. Samtidig blev væsentlige ressourcer overflyttet til forskningsadministrationen, dels forskernes egen indsats i de nye megaprojekter, dels den stærkt øgede administration i de nye, diktatorisk styrede læreanstalter skabt ved sammenlægning af universiteterne, og dels i videnskabsministeriet.
En sidegevinst har været, at omfattende budgetmanipulationer har kunnet udføres for at skjule de reelle besparelser og har medført en række diskussioner mellem videnskabsministeren og hans loyale embedsmænd på den ene side og organisationer på den anden side om, hvis beregninger af forskningsbevillingerne har været mest relevante.
Det må erkendes, at VK(O)'s satsning på anvendt, erhvervstilknyttet forskning og den tilhørende udsultning af grundforskningen ikke nødvendigvis forringer Danmarks relative internationale stilling, idet den liberalistiske udvikling i udlandet ser ud til at have medført en tilsvarende udsultning af grundforskningen her. Det kan konstateres af danske grundforskere, når de sender artikler til internationale tidsskrifter og kan komme ud for, at kvalificerede referees ikke længere kan findes.
Som eksempel på grundforskningens krise ved de danske læreanstalter (universiteter kan man ikke mere kalde dem) kan nævnes, at en forsker i overfladestrukturer blev pludseligt syg og måtte trække sig tilbage efter mange års internationalt anerkendt forskningsindsats. Der er tale om et grundforskningsområde af stor relevans for den anvendte forskning indenfor materialeforskning. Der havde ikke været midler til at ansætte flere til at dække fagområdet og videreføre den gennem mange år opbyggede viden (læreanstalterne skal jo nu efter strukturreformen bruge mange penge til at ansætte højtlønnede administrative ledere og er stadig udsat for besparelser). Forskerens studerende har ikke længere nogen vejleder, fagområdet forsvinder fra Danmark, og til det avancerede videnskabelige udstyr har man bestilt det nødvendige antal affaldscontainere.
