Kirkeministeriet er et ministerium under den danske regering, der primært har Folkekirken, men også andre trossamfund som sit ressortområde.
Kirkeministeriet blev i 1916 oprettet som et selvstændigt ministerium og dermed udskilt fra Ministeriet for Kirke- og Undervisningsvæsenet (Kultusministeriet) fra 1848.
Selvom Det Centrale Personregister (CPR) hører under Indenrigsministeriet, så er det Folkekirken - og dermed Kirkeministeriet - som varetager selve registreringen. På samme måde administreres også begravelser med den dertilhørende lovgivning .
Nuværende kirkeminister er Per Stig Møller, som overtog jobbet fra Birthe Rønn Hornbech i marts 2011.