Hissène Habré (også stavet Hissen Habré) (født 1942 i Faya Largeau, Tchad) var Tchads præsident i perioden 7. juni 1982 til 1. december 1990. Før det var han regeringschef i perioden 29. august 1978 til 23. marts 1979. Habré blev styrtet i et militærkup i 1990, og blev erstattet af Tchads nuværende præsident Idriss Déby.
Habré konsoliderede sit diktatur gennem et magtsystem baseret på korruption og vold, og anslagsvis 40.000 mennesker er blevet dræbt under hans styre. Habré lever i dag i eksil i Senegal. I september 2005 blev han begæret udleveret af en belgisk domstol for at stilles for retten for forbrydelser mod menneskeheden.