Jan Trøjborg (født 14. december 1955 i Horsens) er en dansk politiker og tidligere minister, der siden 2005 har været borgmester i Horsens Kommune, valgt for Socialdemokratiet. Den 19. marts 2010 blev han valgt som formand for Kommunernes Landsforening.
Trøjborg er søn af specialarbejder Erik Trøjborg og husassistent Rita Trøjborg. Han blev i 1976 udlært som murer, og er uddannet ingeniør i 1986 fra bygnings- og miljølinjen på Horsens Teknikum.
Han var formand for Danmarks Socialdemokratiske Ungdom i Vejle Amt, samt medlem af Danmarks Socialdemokratiske Ungdoms hovedbestyrelse, fra 1973 til 1978. Han var medlem af Horsens Byråd fra 1978 til 1986 og igen fra 2007. Fra den 8. september 1987 til den 31. december 2005 var han medlem af Folketinget, valgt for det tidligere Vejle Amtskreds. I denne periode besad han forskellige ministerposter; Industriminister (1993–1994), Trafikminister (1994–1996), Erhvervsminister (1996–1998), Forskningsminister (1998–1999), Minister for udviklingsbistand (1999–2000) og Forsvarsminister (2000–2001). Samlet set har han altså været minister i næsten 9 år. Fold ud