Læsetid 2 min.

Flere om'er

Det første skridt mod proteomet er taget
14. januar 2002

FOKUS - Proteom
I år 2001 var det genomet, fra i år bliver det proteomet.
Endnu inden man bare så småt er gået i gang med at analysere de vældige mængder af data fra de store genomprojekter, er viderebygningen allerede i gang. To nye studier i Nature tager udfordringen op med at forstå, hvordan den genetisk kodede information bliver omsat til en symfoni af genprodukter, der spiller sammen i de milliarder små koncertrum, vi alle består af: cellerne.
Genomet forudsiger antallet af proteiner i en celle (cirka et pr. gen), men røber intet om, hvilke proteiner der arbejder sammen. Proteomet skal råde bod på dette og give et overblik over det samlede netværk af forbunde proteiner i en organisme til en given tid i dens udvikling. Hvor genomet for mennesket består af ca. 35.000 gener, er proteomet en langt større mundfuld – hvert protein i gennemsnit vurderes at snakke sammen med fem andre proteiner. Forskerne har ingen hæmninger, hvad angår proteinernes intime berøringer, og når først partnerne er fundet, vil man vide, hvilke dele der rører hinanden.
Det menneskelige proteom ligger noget ude i fremtiden. Resultater i det seneste Nature er en testkørsel på den en-cellede organisme S. cerevisiae, som kun har et genom med omkring 6.000 gener.
Generne fortæller cellerne, hvilke proteiner de skal lave, og proteinerne udfører det kemiske arbejde. De er så at sige arbejdsheste, som f.eks. forsvarer mod indvandrende organismer, regulerer celle-cyklus og virker som signal molekyler.

Viden om samarbejde
Proteinerne findes oftest i komplekser med andre proteiner, som de arbejder sammen med i en lille kemisk nano-fabrik. Det er meget begrænset, hvilken viden man har om sammensætningen af de ’fabrikker’ cellen indeholder, og det man kender til baserer sig på studier af enkelte proteiner biokemisk og uden for cellen. En meget vigtig pointe med den nye metode er, at man får svar på, hvilke proteiner der holder af hinanden inde i selve cellen, og man får svaret for masser af proteiner på én gang.
Forskerne har modificeret et stort antal gener, så hvert modificeret protein bliver lavet med et håndtag, og sat genet ind i en gærcelle. Gærcellerne producerer selv det modificerede protein, som finder sammen med sine sædvanlige partnere indeni i cellen. Når man knuser en hel pakke modificeret gær, kan proteinet med håndtaget nemt fiskes ud, og alle dets partnere hænger på. Proteinerne skilles ad, og størrelsen bestemmes nøjagtigt med den ekstremt følsomme metode kaldet massespektrometri. Da der findes så forholdsvis få forskellige proteiner, er selv en stump af proteinet unik, og ved hjælp af genomdatabasen har forskerne fundet over 4.000 interaktioner fordelt på flere hundrede proteinkomplekser.
Metoden er ikke fejlfri, og flere kendte komplekser blev ikke fundet, ligesom en del falske positive også dukkede op, men den tillader for første gang en automatiseret analyse af proteinkomplekser fra den samme celletype.
Jagten på det menneskelige proteom er gået ind, og biotek-firmaer investerer mia. af dollars, fordi man med det i hånden vil kunne målrette nye medikamenter med færre bivirkninger til følge.

Bliv opdateret med nyt om disse emner på mail

Vores abonnenter kalder os kritiske, seriøse og troværdige.

Se om du er enig - første måned er gratis

Klik her

Er du abonnent? Log ind her

Anbefalinger

anbefalede denne artikel

Kommentarer

Der er ingen kommentarer endnu