Titlen lyver ikke: Albus Dumbledore (Jude Law) har mange hemmeligheder, og nogle af dem kommer for en dag i den tredje Fantastiske skabninger-film, der har undertitlen Dumbledores hemmeligheder. En af de største er, at han og filmenes hovedskurk, troldmanden Gellert Grindelwald (Mads Mikkelsen, der gør det aldeles fortrinligt i en rolle, han har overtaget efter Johnny Depp), engang var elskere. Som unge troldmænd forelskede de sig, indgik en blodpagt og erklærede, at de sammen ville forandre verden.
Problemet var, at hvor Dumbledore ville gøre det på fredelig vis og med respekt for de ikke magiske menneskers verden, der eksisterer side om side med heksenes og troldmændenes, ja, så ville Grindelwald rense ud og bygge en raceren verden kun for dem med magiske evner.
Denne fascistoide tankegang har Dumbledore og Fantastiske skabninger-filmenes egentlige hovedperson, magizoologen Newt Scamander (Eddie Redmayne), og hans venner bekæmpet i de to første film – der foregår i noget, der ligner 1930’erne – hvorfor Grindelwald nu er eftersøgt i den magiske verden for sine morderiske forbrydelser.